El Depósito Franco y Fiscal de Algeciras está constituido por unas instalaciones cerradas perimetralmente y aislada del resto del entorno portuario.

Esta formado por tres naves con una superficie cubierta de 6.000 m2 aproximadamente y de una parcela anexa cuya superficie descubierta es 3.670 m2, dotada de cinco muelles para carga y descarga de vehículos.

Las instalaciones tienen un sistema de seguridad mediante infrarojos con avisador acústico y conexión a central de alarma, instalado en las tres naves y en las oficinas.

También existen cámaras exteriores de control de acceso a las instalaciones controladas por la Autoridad Portuaria.

Las instalaciones disponen de una dotación contra incendios compuesta por diez BIES y 44 extintores distribuidos por todas las instalaciones.